Los comunes o letrinas de los hermanos coadjutores estaban en estas habitaciones. El estrecho pasillo con una altura mayor servía para la bajada de aguas negras que venían del claustro superior y llegaban al nivel inferior del edificio. El aseo personal en el colegio era obligado pues servía a la salud y a la modestia. Los hermanos debían mostrarse en público con los vestidos limpios y arreglados con moderación.
Los jesuitas que habitaban en el colegio podían ingresar al templo por una pequeña puerta ubicada en un extremo del claustro o por una escalera que comunicaba a los aposentos ubicados en el piso superior con el antecoro y la sacristía. Las escaleras y puertas del colegio servían para comunicar los tres niveles del edificio, así como para dar acceso o restringir el paso a sus moradores de acuerdo a su cargo y grado (padre, hermano coadjutor, junior y novicio).
Una puerta de hierro forjado da acceso a un pasillo que sirve de tránsito al antecoro. El espacio está decorado con grisallas y, actualmente, se exhiben cuatro pinturas al óleo que fueron retiradas de las pechinas de la cúpula del templo en 1993. Estas pinturas representan a los cuatro evangelistas y fueron realizadas a mediados del siglo XVIII como parte de la ornamentación del templo.
En este lugar se localiza una tribuna —ventana con celosía donde los jesuitas ancianos o enfermos podían asistir a los oficios divinos— con restos de policromía. En el siguiente muro hay una puerta de madera que permitía ingresar a la parte posterior del retablo de San José para su mantenimiento. En el muro opuesto otra puerta da paso a un pequeño balcón con barandilla de hierro forjado, policromado y dorado que permite ver el interior de la Casa de Loreto.
Esta placa estaba ubicada, originalmente, en la parte posterior del remate de la fachada del templo de San Francisco Javier. El padre Joseph de Utrera, rector del colegio, la mandó grabar en 1762 con el fin de dejar testimonio de la dedicación del templo y solicitar la protección divina.
Este espacio estaba destinado para cantar los oficios divinos, su mobiliario consistía en un órgano de talla sin dorar, un facistol con sus bancas y varias pinturas. También servía de acceso a la torre con su campanario, las trece campanas que originalmente se fundieron estaban dedicadas a distintas advocaciones, como santa Ana, la Virgen de Soterraña, san Ignacio, san Miguel, san José, san Francisco Javier o la Inmaculada Concepción.
Los tres lienzos de grandes dimensiones que se ubican en el coro fueron pintados por Miguel Cabrera en 1764. El primero representa a san Francisco Javier como intercesor en las pestes; al centro se observa una pintura de menores dimensiones con el monograma IHS (Iesus Hominum Salvator, Jesús salvador de los hombres) en alusión al nombre de la Compañía de Jesús y, por último, el santo se muestra como patrono contra fuegos y tempestades.
El templo de San Francisco Javier fue dedicado en 1682 y remodelado a partir de 1750. Como parte de esta reforma el espacio de la antesacristía fue modificado al cancelar el vano que servía de ingreso al templo y poner en su lugar un armario de grandes dimensiones. Una pequeña puerta ubicada en uno de los retablos del crucero servía de ingreso a los padres y hermanos que habitaban en el colegio.
A mediados del siglo XVIII la sacristía fue renovada con una tarima de madera en el piso, una cajonera para guardar las vestiduras y objetos litúrgicos, así como un aguamanil tallado en piedra con dos “tazas” de bronce en forma de venera. Además, Miguel Cabrera pintó los once lienzos que cubren los muros. El principal y de mayores dimensiones está dedicado a la Inmaculada Concepción mientras que los otros representan escenas de la Pascua Judía, la Última Cena, el triunfo de la Iglesia y de la Fe. En uno de los muros se observa una pequeña escalera que desciende a las criptas donde eran sepultados los jesuitas.
El templo fue construido en el último tercio del siglo XVII por los arquitectos Diego de la Sierra y José Durán con base en una “planta” o plano autorizado por las autoridades de la Compañía de Jesús en Roma. A De la Sierra le correspondió hacer los cimientos y levantar los muros, mientras que Durán cerró las bóvedas, construyó la antesacristía, la sacristía, la cripta y el nicho de los patronos. También puso almenas como remate de los muros exteriores, el escudo de armas de la familia Medina Picazo en la puerta lateral y dos torres en la fachada. Por último, se blanqueó el interior del templo, se pintó una cenefa en el muro y cuatro santos en las pechinas, éstos últimos aún se conservan. La construcción fue pagada por el padre Pedro Medina Picazo y su familia. El templo fue dedicado en 1682 y renovado a mediados del siglo XVIII bajo el rectorado del padre Pedro Reales.
Como parte de las renovaciones realizadas al colegio en el siglo XVIII, el padre Pedro Reales contrató al pintor Miguel Cabrera y al ensamblador Higinio de Chávez, en 1753, para construir y dorar los tres retablos del presbiterio, cuatro blandones y dos pedestales para cirios. El retablo mayor está dedicado a san Francisco Javier, patrono principal de las misiones. El retablo lateral izquierdo lo preside san Francisco de Borja, prefecto general de la Compañía de Jesús y fundador de la Provincia de México, mientras que el derecho está consagrado a san Estanislao de Kostka, santo de los novicios jesuitas. La pintura de la Virgen de Guadalupe que se ubica en el sagrario también es del pincel de Cabrera.
La pintura mural de la bóveda del presbiterio fue firmada por Cabrera en 1755. El tema es la Glorificación de san Ignacio y está inspirada en la pintura al fresco que el jesuita italiano Andrea Pozzo realizó para la iglesia de San Ignacio en Roma. La escena es una exaltación a san Ignacio de Loyola y a la Compañía de Jesús por emplearse en la propagación de la fe cristiana por el mundo. En 1756 el pintor oaxaqueño realizó las pinturas de las bóvedas del transepto con las cuatro apariciones de la Virgen de Guadalupe y escenas de la vida de san Ignacio. Los santos pintados en las pechinas de la cúpula corresponden a la decoración del templo en el siglo XVII y fueron descubiertos, en 1993, a partir de una restauración.
Pedro Medina Picazo fue hijo de doña Isabel Picazo de Hinojosa y Juan Vázquez de Medina. Ingresó a la Compañía de Jesús a los 21 años y, entre 1679 y 1681, contrató a los arquitectos Diego de la Sierra y José Durán para construir el templo de San Francisco Javier. Renunció al derecho de patronato de la iglesia y lo cedió a su madre doña Isabel y a su hermano Francisco Antonio. La Compañía de Jesús dejó constancia de este patronato en la lápida que se localizó bajo uno de los retablos del presbiterio en 1960 y cuya inscripción dice: Doña Isabel Picazo matrona ilustre a quien sus herederos reconoce en su patronato este templo que cedió y renunció el Pe. Pedro de Medina Picazo su hijo con aprobación de N. P. General Juan Pablo Oliva. Dedicóse a 8 de septiembre de 1682 años.
En el nicho central del retablo se observa una pintura de la Virgen de Guadalupe firmada por Cabrera en 1756. La obra tiene un marco de madera y está protegida con un vidrio de época de color verdoso. Esta devoción fue impulsada por la Compañía de Jesús en los siglos XVII y XVIII. En los nichos laterales se ubican las esculturas de san Isidro Labrador y san Fandila, patronos de quienes cultivan la tierra. En el segundo cuerpo del retablo están las imágenes de santa Catalina de Alejandría y santa Bárbara que bendicen la molienda y protegen de las tempestades. El retablo del lado izquierdo está dedicado a san Juan Nepomuceno, patrono de los confesores y protector de su fama. En la parte superior se localiza una tribuna por la que los jesuitas que no podían asistir a la iglesia escuchaban los oficios divinos.
Entre 1755 y 1756 Cabrera y Chávez realizaron los retablos del crucero. Una escultura de san Ignacio de Loyola preside el altar dedicado a los fundadores de distintas órdenes religiosas. El fundador de la Compañía de Jesús viste sotana negra y porta en la mano un libro abierto con el monograma de Jesús (IHS) y el lema Ad maiorem Dei gloriam (A mayor gloria de Dios). A la izquierda de san Ignacio se ubica santo Domingo de Guzmán, promotor de los dominicos, y a la derecha san Francisco de Asís, cuyos seguidores iniciaron la evangelización en México. En los nichos superiores san Agustín sostiene un libro con la maqueta de una iglesia y san Pedro de Nolasco, fundador de los mercedarios, viste un hábito blanco. El retablo lateral izquierdo está dedicado a la Pasión de Jesucristo y el lateral derecho a la Cruz de Caravaca.
En 1682 este espacio lo ocupaba la puerta que daba acceso a una capilla dedicada a san José, pero en la renovación del siglo XVIII se clausuró y se erigió este retablo. La figura josefina está estrechamente relacionada con la Virgen María y Jesús al ser el custodio de la Sagrada Familia. La imagen central del retablo es una escultura de san José vestido de blanco con los brazos flexionados en actitud de haber sostenido al Niño Jesús y una vara florida. De abajo a arriba, se observan las figuras de santa Isabel y san Zacarías, padres de san Juan Bautista; san Diego de Alcalá y san Bernardo y en el remate san Juan de Dios y san Benito.
Esta devoción tuvo su origen en Italia y fue promovida por la Compañía de Jesús en Nueva España. La escultura central representa a la Virgen con el Niño Jesús en brazos, a quien un ángel arrodillado presenta un azafate con los corazones de los hombres encendidos en amor divino. El Niño Dios los toma mientras que la Virgen sostiene con la mano derecha la figura de un alma para que no caiga en la boca del infierno. De este modo, la Virgen de la Luz está relacionada con el Juicio Final y la idea de la salvación. De abajo a arriba se ubican las imágenes de san Juan Evangelista y san Juan Bautista; san Joaquín y santa Ana, padres de la Virgen, y en el remate san Carlos Borromeo y un santo no identificado.
Este lienzo de grandes dimensiones fue pintado por Cabrera y representa la protección de la Virgen a la Compañía de Jesús. Al centro de la pintura se observa a la Virgen con el Niño bendiciendo, mientras los arcángeles Miguel y Gabriel sostienen su manto. Un par de angelitos que portan azucenas en las manos se dirigen al grupo de jesuitas encabezados por san Ignacio de Loyola, fundador de la orden, y san Francisco Javier, patrono del templo. A sus pies se lee la inscripción latina FLORES MEI, FRUCTUS HONORIS, ET HONESTATIS Eccles. 24 (Mis flores son fruto de honor y honestidad. Eclesiástico, 24) que alude a los miembros de la Compañía.
La imagen central de esta pintura realizada por Cabrera es Cristo representado como fuente de salvación, pues de sus llagas brota sangre. A sus pies un par de angelitos sostienen una cartela con la inscripción COPIOSA APUD EU REDEPTIO Psalm 129 (En él la redención es abundante. Salmo 129) que sintetiza el tema de la obra. La Virgen María y san José –acompañados por san Pedro y san Ignacio de Loyola– se muestran como intercesores de las ánimas del purgatorio que, en la parte inferior, son bañadas con la sangre redentora de Cristo.
La réplica de la Casa de Loreto fue construida entre 1679 y 1680 según las medidas exactas de la que se conserva en Loreto, Italia. Esta última ha sido identificada como la casa de Nazaret donde, según la tradición, el arcángel san Gabriel visitó a la Virgen María para anunciarle el misterio de la Encarnación. De este modo, la Santa Casa era visitada como uno de los lugares de Tierra Santa. En 1733 la Casa de Loreto fue remodelada: se eliminó el techo a dos aguas, se erigió una cúpula octogonal sobre la bóveda y, en la parte posterior, se construyó el Camarín de la Virgen.
Esta capilla dedicada a la exaltación y glorificación de la Virgen, fue construida en 1733 y destaca por su riqueza ornamental: los muros y la bóveda fueron decorados con estucos policromados de tradición indígena y el piso fue cubierto de azulejos. Sin embargo, para mediados del siglo XVIII y siguiendo la renovación del templo, se colocaron ocho retablos de madera tallada y dorada, así como diez pinturas firmadas por Miguel Cabrera.