Para conservar las colecciones que el Museo Nacional del Virreinato resguarda se realizan estudios analíticos e históricos, se hace un diagnóstico puntual de la problemática de deterioro y, finalmente, se diseñan proyectos o programas interdisciplinarios que incluyan medidas preventivas, ambientales y de intervención directa.
El conjunto arquitectónico del antiguo colegio de Tepotzotlán es uno de los pocos colegios jesuitas que aún se conservan completos. Para preservar en buen estado este inmueble se llevan a cabo planes de mantenimiento y se desarrollan proyectos específicos e interdisciplinarios para restaurar los diferentes espacios del edificio.
Después de un estudio de cinco años, en 2016 se desarrolló el proyecto interdisciplinario de restauración del Camarín de la Virgen de Loreto en el que se estabilizaron los bienes al exterior e interior del inmueble (estucos, azulejos, esculturas, retablos y pinturas de caballete). Asimismo, se analizaron los procesos constructivos del espacio, se recuperó la iluminación natural al interior, el recorrido a la Casa de Loreto y el programa pictórico del exterior.